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蛋白质数据库检索：使用指南
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蛋白质数据库检索：使用指南
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用户1288用户12884月15日修改
海量数据，一站式蛋白质检索
MatwingsVenus™ 将海量生物信息数据与高性能分析能力整合在统一入口中，让序列比对与数据检索始终保持连贯。
生物信息学分析师在进行蛋白质和基因序列比对时，常常需要在不同数据库与不同页面间切换，导入导出数据，流程既繁琐又易出错。这种体验和日益增长的多源数据之间形成了矛盾。MatwingsVenus™ 提出的理念是：数据越多，流程越少。通过重新设计交互逻辑，统一入口和内置引擎，实现了一站式检索和分析，让复杂的数据检索变得简单自然。
1 支持的数据库（DATABASE）
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UniProt（默认）
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UniProt Swiss Prot
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KEGG DB
•
自有数据库
2 支持的检索方式（PROGRAM）
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序列检索（BLAST）
◦
blastp：用蛋白质序列搜索蛋白质序列库（当前版本已支持）
◦
blastx：用于检索核酸序列（待更新……）
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mmseqs-remote：用于蛋白质与核酸序列的检索与对比（待更新……）
3、支持的识别模式（MODE）
•
自动识别
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序列检索
•
ID查找（待更新……）
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全文检索（待更新……）
3 高级检索功能（Advanced Search）
3.1 检索参数（Params）
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E-Thrhreshold：通过阈值，越小越严格。
10：最宽松，结果最多，含大量假阳性，适合最大化发现潜在同源序列
1：宽松，结果较多，假阳性概率较高，适合初步筛选、寻找远缘同源蛋白
0.1：中等宽松，结果适中，假阳性风险降低，适合常规同源性搜索
0.001：中等严格，BLAST 默认值，平衡数量与准确性，适合大多数通用比对
1e-5：严格，仅返回高置信度结果，假阳性概率低，适合寻找近缘同源蛋白
1e-10：最严格，仅返回极显著结果，几乎无假阳性，适合精确同源性验证
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MATRIX：打分矩阵。
如果事先并不知道序列之间的相似程度，可以多试几个矩阵，最后再使用给分最高的那个矩阵。
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MAX TARGETS：设置最多返回多少条序列。
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HSPS PER HIT：每个 hit 中的高得分片段对数量上限。